Thị trấn Lima do Pizarro thành lập vào ngày 18 tháng 1 năm 1535 với tên gọi "Ciudad de los Reyes" (Thành phố của các vị Vua/Đạo sĩ), đô thị này trở thành nơi đặt trụ sở của phó vương quốc. Với vai trò là nơi đặt trụ sở của một thực thể kiểm soát gần như toàn bộ Nam Mỹ, ngoại trừ khu vực Brasil do Bồ Đào Nha thống trị, Lima đã trở thành một thành phố hùng mạnh. Trong thế kỷ 16, 17 và hầu hết thế kỷ 18, tất cả sự giàu có của thuộc địa tại Nam Mỹ được tạo ra bởi khai thác bạc đã đi qua Lima để tới eo đất Panama rồi từ đó đi tới Sevilla, Tây Ban Nha. Khi bắt đầu thế kỷ 18, Lima đã trở thành một thành phố thuộc địa khang trang và có dáng vẻ quý phái, thành phố cũng là nơi đặt Đại học Hoàng gia và Giáo hoàng San Marcos và là thành trì chính của Tây Ban Nha tại châu Mỹ

Về mặt chính trị, phó vương quốc được chia tiếp thành các audiencias với vai trò tòa án tối cao, nhưng cũng có chức năng hành chính và lập pháp. Mỗi audiencias phải chịu trách nhiệm với phó vương Peru. Các đại phận nằm dưới sự de dọa về mặt quân sự được nhóm thành các tổng Đại úy, như Vương quốc Chile (thành lập năm 1541 và trở thành tổng đại úy năm 1789), những lãnh thổ này có quyền chỉ huy tương đối tự chủ về mặt quân sự và chính trị.